一、离子源抉择
大气压化学电离（APCI）：实用于弱极性或许中等极性，具备必要蒸发性的化合物
电喷雾电离（ESI）：实用于极性较大，胺类，季铵盐，含氮杂原子化合物，大分子（卵白质，多肽，小核酸等），绝大大都革新药ESI能搞定。
APCI离子源示用意
ESI离子源示用意
二、断定母离子
1.有机关式：应用chemdraw画出机关，得到精确分子量，cLogP判定脂溶性，pKa判定酸碱性
*pKa数据起源于百度百科
2.没有机关式：惟独分子量，MS1搜索老例母离子（正离子模样和负离子模样）
老例母离子模样：[M+H]+,[M-H]-
连合形母离子：[M+NH4]+,[M+Na]+,[M+K]+,[M+HCOO]-,[M+CH3COO]-,[M+NO3]-
大分子：多电荷模样[M+nH]n+,[M-nH]n-(m/z=(M+n)/n,m/z=(M-n)/n)
三、断定子离子建设MRM离子对
采取产品离子扫描模样（MS2），停止母离子，经过调理CE值来得到不同的碎片离子，建设MRM离子通道，优化参数（DP，CE，EP，CXP）得到反映高，不变性好的质谱前提。
Tips:先多选几个离子对，待涌现基质困扰时可换，结尾依照法例请求断定离子对数量。
四、液相办法创设与优化
液相洗脱办法：
①等度洗脱：简略不变，别离度较好，峰形较差，需求较长的洗脱功夫
②梯度洗脱：峰形较好，简略涌现保存功夫不不变，反映不不变，出峰基质困扰
液相办法：
老例柱子，老例梯度观察峰形，保存功夫，记号反映
调换梯度
调换柱子
调换固定相
液相色谱旨趣图
Tips：
生物样天职析流程罕用的固定相：水、甲醇、乙腈（加酸、加碱、加缓冲盐）
甲醇洗脱手腕较弱，血浆中磷脂类需求更长的洗脱功夫，乙腈做为第一抉择，为了保存也许试验不同比例甲醇乙腈
加酸（甲酸、乙酸、三氟甲酸、三氟乙酸），加碱（氨水、三乙胺）也许供应不变的pH处境，更换化合物保存，供应质子（酸，正离子模样）或许节减质子（碱，负离子模样），低落残留。加缓冲盐（甲酸铵、乙酸铵），供应加合离子，制服其余离子，改进峰形等
全能洗针：甲醇：乙腈：异丙醇：水：甲酸=1:1:1:1:0.1%
伸展常识：
质子化手腕强（正离子模样）：R-NH2,R2NH,R3N←R-PH2,R2PH,R3P←R-OH,R-SH←R-O-R,R-S-R,R-C=O←CnHm←R-COOH←R-SO3H,R-SO4H,R-PO3H2,R-PO4H2去质子化手腕强（负离子模样）
质谱后台记号
m/z50-甲醇乙腈水等溶剂离子
m/z三乙胺
m/z邻苯二甲酸酯的酸酐
m/z邻苯二甲酸二丁酯
m/z邻苯二甲酸二辛酯
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